歐洲生物柴油工業自2003年起發展迅速，目前總產值高達130億美元，位居全球前列。然而，近期的一些研究顯示，生物柴油工業給環境帶來的間接破壞幾乎與其益處相當，歐盟可能將從法律上對其發展進行限制。（1美元約合6.47元人民幣）
法國生物燃料巨頭Sofiproteol公司主席翡麗·提拉斯博得（Philippe Tillous-Borde）表示：“這些研究為歐洲生物柴油行業的衰落平了道路。”
歐盟現行的政策要求，到2020年生物燃料使用率需從3%提高到10%。但近兩年來，歐盟內部就這一目標對環境的間接負面影響程度一直在存在爭論。分析顯示，該目標可能會一次性間接造成約1000兆噸的二氧化碳排放。
路透社稱，如果分析正確，這意味著歐盟的政策制定出現重大失誤。報告指出：“（這一研究結果）對歐洲生物柴油工業具有重大的警示意義。由于傳統生物柴油原料的大幅減少，長期行業投資將受到影響。”
此外，報告結果將顯著影響大型石油企業的未來投資方向，如英國石油公司和殼牌集團等，下一代非糧食來源的生物燃料將因此得到迅速發展。
全球生物燃料專家警告說，受歐盟綠色能源目標的影響，生物燃料產量大幅提高，這將減少食物供給，在全球帶來更大范圍的饑荒。
先前的理論認為，生物燃料在燃燒時只排放出農作物生長過程中所吸收的碳，因此人們曾一度認為它是控制交通碳排放的良方。“間接改變土地用途” 的概念對生物燃料的地位提出了挑戰。“間接改變土地用途”是指如果人們將土地中原有的農作物移除，轉而種植生物燃料所需的作物，那么一些人總會因此而缺少糧食，除非人們在其他地方種植等量的糧食。
近期研究顯示，為了補足種植生物燃料帶來的糧食缺口，新開墾的土地中約有80%是通過砍伐森林得來。人們經常將砍伐后的森林進行燃燒，以便清除土地上的植物，但這一過程將向大氣排放溫室氣體。由于排放量巨大，幾乎能抵消所有生物燃料帶來的好處。
歐盟委員會的文件顯示：“專家們幾乎一致認為，雖然‘間接改變土地用途’理論仍有很大的不確定性，但目前已經有強有力的證據表明其所帶來的影響十分巨大。”利用亞洲的棕櫚油、南美洲的大豆和歐洲的菜籽油制成的生物柴油對氣候的影響均超出了傳統柴油。
歐洲運輸與環境聯盟努沙·烏爾班契奇（Nusa Urbancic）指出：“科學家已經有足夠的理由認為，當前的歐盟生物燃料政策將間接造成環境破壞，因此必須立刻終止這個錯誤。”
然而，約80%的生物燃料企業認為，這些科學證據不夠確鑿，尚未到達影響法律決策的地步。就在生物柴油爭論不休的同時，科學家推舉生物乙醇是更好的清潔能源替代品。國際食物政策研究中心的報告顯示：“乙醇原料的‘土地用途改變’相對生物柴油較小，其中用甜菜生產乙醇的土地排放最低。”
歐盟委員會預計，如果法律將“間接改變土地用途”因素考慮進去，將嚴重打擊生物柴油的需求。但人們對生物乙醇以及其他先進生物柴油產品的需求將出現井噴趨勢。
